安装PyNE的开发版本

PyNE简介

PyNE 是一系列计算核工程领域的工具组成的一个系统工具平台。

我是用PyNE配合DAGMC来进行停机剂量计算工作。现在正在进行一部分的改进工作，需要添加一部分代码，因此需要安装PyNE的开发版本。

Ubuntu 18.04系统下安装PyNE开发者版本

PyNE已经写了针对不同系统使用的安装脚本。
里面的内容可供参考，这里记录了在我自己电脑上的安装流程。

安装依赖软件

在pyne/install_scripts下找到ubuntu_18.04.sh这个文件，其中的package_list就是安装pyne前需要安装的工具。使用下面的命令安装这些软件：

sudo apt-get install -y --fix-missing software-properties-common wget git cmake vim \
             build-essential python3-setuptools python3-pip python3-dev \
             libpython3-dev python3-nose python3-matplotlib python3-tables \
             python3-scipy python3-jinja2 \
             libblas-dev liblapack-dev libhdf5-dev \
             gfortran autoconf libtool hdf5-tools doxygen

pip install --force-reinstall sphinx cloud_sptheme prettytable sphinxcontrib_bibtex \
             numpy tables numpydoc nbconvert nose cython future

Install MOAB5.2 as described here.

安装PyNE

# export MOAB_DIR=$HOME/opt/MOAB5.2
python setup.py install --user -- --moab $HOME/opt/MOAB5.2 --dagmc $HOME/opt/DAGMC
echo "export PATH=$HOME/.local/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc
echo "export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/.local/lib:\$LD_LIBRARY_PATH" >> ~/.bashrc

Know issues

There is a __pyx_builtin_ValueError if numpy version 1.19.x is used.

核数据

cd scripts
./nuc_data_make

测试

PyNE在开发过程中，功能性函数都配置了unit test进入pyne/tests文件夹下：

./travis-run-tests.sh python3

添加快捷安装方式

echo "alias pyne_build=' python setup.py install --user -- --moab $HOME/opt/MOAB5.2 --dagmc $HOME/opt/DAGMC'" >> ~/.bashrc
echo "alias pyne_clean='rm -rf $HOME/opt/pyne/build/ $HOME/.local/lib/python3.6/site-packages/pyne* $HOME/.local/lib/libpyne.so $HOME/opt/pyne/build_nuc_data $HOME/opt/pyne/scripts/build_nuc_data'"
source ~/.bashrc

之后需要重新编译PyNE的时候，只需要执行下面的命令即可：

pyne_clean
pyne_build